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疫苗毒副作用，自疫苗啟動以來，每年都會有“預防接種後疑似不良反應，嚴重不良反應上報，但預防接種受害者救援小組通過少量病例.. 疫苗上市前，會有上千人的臨床試驗，但沒有“零副作用藥物，仍然無法避免萬分之一以下的副作用，包括注射部位肌肉疼痛，壓力，倦怠，通常在1~2天內就會恢複，更嚴重的副作用是過敏和更頻繁的神經炎，機會只有萬分之一。
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其他報告的病例，如痙攣、腦脊髓炎、中樞神經系統免疫疾病、貝爾氏麻痹、血管炎和免疫低血小板計數，也有報告，但沒有證據表明疫苗參與。 該機構還表示，這兩人的死亡是由於與疫苗無關的慢性疾病，並建議在接種疫苗之前對他們進行評估。 疫苗與腸道細菌之間的關系，除了疫苗的安全性之外，還有對疫苗效力的懷疑。 然而，研究發現，疫苗的效力很大程度上與腸道細菌有關，該疫苗的原理是通過病毒株來觸發人體的免疫系統反應，使人體產生對病毒的抗體，而腸道細菌可以有效地增強免疫系統。
據雜志報道，老鼠有一種特殊的腸道細菌，可預防流感病毒的嚴重並發症，科學家認為是分解的“食品中黃酮類化合物的原因，而水果和蔬菜，茶葉，啤酒，咖啡，日常飲食中有黃酮類化合物本身具有抗氧化，抗病毒，抗過敏，抗炎和抗癌作用。但是這項研究發現，類黃酮需要打破腸道菌群，以加強免疫系統起到現在確定了角色如梭狀芽孢杆菌的細菌。此外，細菌鞭毛中包含鞭毛蛋白也可增強免疫細胞的活性，生活在無菌環境中，或鼠標不只是在腸道細菌的鞭毛，這種疫苗不能生效。
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